Der älteste nachweisbare Stamm, die Negritos oder Aetas, existieren seit 25,000 Jahren, danach folgten Immigranten von Indonesien und Malayen.

1521 entdeckte Ferdinand Magellan den Archipel und nahm ihn für Spanien in Besitz. Magellan wurde später von Häuptling Lapu Lapu ermordet.  1543 wurde das Inselreich auf den Namen  "Filipinas" (nach Philip II von Spanien) getauft. 1648 wurden die Philippinen Spanien zugesprochen. Spanische Missionare bekehrten fast die gesamte einheimische Bevölkerung zum Christentum.
Im Span.-Amerikan. Krieg (1898) unterstützten die Filipinos die USA, die ihnen die staatliche Unabhängigkeit versprachen, sich jedoch im Friedensvertrag die Philippinen abtreten liessen. Nach mehrjährigem Guerillakrieg wurde 1902 ein einheimisches Parlament gewählt. 1935 erhielten die Philippinen den Status eines Commonwealth zuerkannt mit der Massgabe, dass 1944 die endgültige Unabhängigkeit folgen sollte.

1935 wurde Manuel QUEZON als Präsident gewählt. Nach der Besetzung der Philippinen im Jahre 1942 durch die Japaner im Pazifikkrieg eroberten die USA (General MacArthur) die Philippinen von Okt. 1944 bis Mai 1945 zurück.
Am 4. 7. 1946 entliessen die USA die Philippinen in die Unabhängigkeit, sicherten sich jedoch das Recht zur Errichtung von Militärstützpunkten, sowie die fast vollständige wirtschaftliche Kontrolle.
Der 1965 erstmals gewählte Präsident Ferdinand MARCOS trieb die "Philippinisierung" des Landes voran. Nach inneren Unruhen schlug Marcos einen zunehmend diktatorischen Kurs ein und verhängte 1972 das Kriegsrecht.
Die Ermordung des prominenten Oppositionsführers Benigno AQUINO (* 1932, 1983) unmittelbar nach dessen Rückkehr aus dem Exil im Aug. 1983 löste schwere innenpolitische Unruhen aus, die sich nach offen-kundig manipulierten Präsidentschaftsahlen im Feb. 1986 weiter verschärften.
Marcos musste das Präsidentensamt der einzigen Oppositionskandidatin, Corazon AQUINO, der Witwe Benigno Aquinos, überlassen und verliess das Land. Da er genug Geld in die eigene Tasche gewirtschaftet hatte, nahmen ihn die USA mit offenen Armen auf.
Die von Aquino eingeleitete Landreform (1988) und Verhandlungen mit kommunist. und islamischen Rebellen wurden von Teilen der Armee bekämpft (mehrere Putschversuche).
1992 wurde Fidel RAMOS zum Pärsidenten gewählt und begann die Wirtschaft anzukurbeln.  Im gleichen Jahr zogen die amerikanischen Streitkräfte aus ihren Stützpunkten ab. Da der Präsident auf den Philippinen nicht direkt wiedergewählt werden kann, wurde der ehemalige Vize-Präsident,  Joseph "Erap" ESTRADA 1998 als neuer Präsident vereidigt.
Bekannt als zweitklassiger Filmschauspieler, versprach Estrada dem Volk, er werde Armut und Korruption bekämpfen. Leider beschränkte er sich auf den Kampf gegen seine eigene Armut und wurde zu Beginn des Jahres 2001  durch die Macht von "People's Power" gestürzt, nachdem er, wie auch seine Vorgänger, in die eigene Tasche gewirtschaftet hatte.
Neue Präsidentin wurde Gloria MACAPAGAL ARROYO.  Arroyo versprach in ihrer Antrittsrede Armut und Korruption zu bekämpfen.
Gloria MACAPAGAL-ARROYO wurde im May 2004 als Präsidenten gewählt. Leider war sie bis heute beim Kampf gegen Korruption nicht erfolgreicher als ihre Vorgänger.
Die nächste Präsidentenwahl findet im Mai 2010 statt.